La tenuta ed il casale di Tor Vergata erano situati tra le vie Tuscolana e Labicana a sud del 13° km della via Casilina.
Secondo A. Nibby, il nome, frequente nella campagna romana, deriva dall'aspetto "vergato" risultante dall'impiego, a fasce alterne, di mattoni rossi e tufi cenerognoli con i quali la torre era costruita.
A quanto riferisce G.Tomassetti, agli inizi del secolo, l'estensione complessiva della tenuta era di 119,81 ettari. Del casale, della torre e del piccolo borgo che, come si evince da una carta del catasto Alessandrino del XVII secolo, le si era sviluppato intorno, non rimane oggi alcuna traccia visibile.

L'agro romano aveva subito nel secolo VIII l'invasione dei Longobardi che ne peggiorò la giovane economia agricola ed è con il secolo IX che, migliorate le condizioni di vita, sorsero le prime torri costiere e sulle vie militari.
Tor Vergata, costruita nel secolo XIII, doveva favorire con Torrenova e Torre dei SS.Quattro, il controllo del tratto di agro romano compreso tra le vie Tuscolana e Labicana.
La proprietà terriera ecclesiastica e laica nella campagna romana cominciò a consolidarsi nella campagna di Roma nel secolo XI quando, favorita dalle lotte per le investiture cominciò a trasformarsi da enfiteuta in feudataria.
Questa opera di consolidamento continuò anche nel secolo XIII durante il quale le famiglie feudali tentarono di imporre il loro dominio con acquisti di grandi tenute o con vere e proprie usurpazioni.

Per risalire alle origini di Tor Vergata, per individuare chi edificò il primo nucleo centrale - cioè la torre - chi la abitò o comunque ne gestì le sorti, è necessario attingere alla storia di Roma e di alcune grandi famiglie che nei secoli XII, XIII e XIV, ebbero un peso rilevante, anche politico e militare, nella zona.

La prima traccia documentale nella quale è citato il casale di Tor Vergata, si trova in un rogito del 2 maggio 1361 con cui il notaio in Roma Paulus Serromani perfezionava la vendita, da parte di Tebalduccio della potente e nobile famiglia degli Annibaldi di Montecompatri, di un quarto del casale in favore di Andrea Oddone de Palombara. Tebalduccio aveva ereditato il patrimonio di famiglia dal padre Butius il quale, a sua volta, lo aveva ereditato da suo padre Giovanni I, figlio di Riccardo Annibaldi.
Nell'atto di divisione dei beni di Riccardo Annibaldi del 27 giugno 1301, Giovanni I acquisì le stesse proprietà che compariranno, sessanta anni più tardi, nel patrimonio del figlio di Butius, fatta eccezione per Tor Vergata. Riccardo, infatti, trasmise i castra di Ariccia, Bonaffitto e Montecompatri mentre, al posto di Tor Vergata, compare la Turris Magistri Stephani, la quale non sarà mai più citata dopo il 1301.
Esiste, quindi, una frattura nella continuità patrimoniale degli Annibaldi: una Turris Vergata che è citata solo a partire dal 1361 e una Turris Magistri Stephani che ricorre solo fino al 1301.

La tesi, ormai accreditata tra gli studiosi dell'agro romano, è che il casale di Turris Virgata sia sorto, per volere del senatore Riccardo Annibaldi, attorno alla torre antica del sec.XIII appartenuta a Magister Stephanus, la quale, nei sessanta anni tra il 1301 e il 1361, ormai completamente inserita nel casale, mutò il nome in "Turris Virgate". Nell'atto del 1301, infatti, Giovanni I ereditò la Turris Magistri Stephani "cum toto seu territorio seu tenimento et terris qualitercumque et quocumque tempore per ipsum dominum Riccardum acquisitis jam ascriptis tenimento ipsius turris".
Jean Coste, probabilmente il massimo studioso vivente di topografia medievale della campagna romana, fa notare al riguardo che i confini della Turris Magistri Stephani, citati nell'atto del 1301, sono praticamente sovrapponibili con quelli, noti, della futura Tor Vergata:
1) il tenimentum Albestucii Johannis Bobonis, cioè il futuro casale di Torrenova (confine di Tor Vergata);
2) le proprietà Jacobi e Jordanes Ilperini che, da un atto del 1318, risultano confinanti con Torrenova;
3) il casale di Carcaricola, nel sec.XIV di proprietà della Chiesa di Sancte Pudentiane (confine di Tor Vergata);
4) i beni della famiglia Gandolfo, proprietaria di terreni confinanti con Carcaricola e la stessa Tor Vergata.